由于地理环境的因素，海南自古人烟稀少，生产办相对大陆落后许多。新中国成立前，连年的战乱，使这一带人迹罕至。生活、交通的不便也使人难于在岛上居住，小岛唯一的人工设施是公元1898年、清光绪年间，由崖州府在此修建的一处庵堂，后被渔民改奉为妈祖庙，即现在岛上的妈祖庙。

　　解放后，该岛被解放军征用，做为战略防御的重点地区。因为该岛东南方向距公海仅12海里左右，在常规武器战争条件下，它的战略位置十分重要，是防御的前沿阵地。五十年代的朝鲜战争，六十年代同台湾国民党政府的军事对峙，七十年代初的越南战争，都使这里始终充满了战争的气氛。据当时部队人士回忆，在山顶上用高倍望远镜甚至可见公海上美国第七舰队军舰上的人员活动情况。因此解放后三十年来，部队在岛上修筑了大量的地下战备工事，总长度相加有4公里长。

　　进入九十年代后，和平与发展成为世界的主题，而且随着现代战争武器的发展，这里也失去了现代战争的意义，部队于是放弃了这里，从此开始了蜈支洲岛作为度假休闲圣地的新历史。

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